模組化核心課程
國立臺灣大學工業工程學研究所跨領域整合與創新高階主管碩士在職專班所開設之八門核心課程皆為3學分，包括跨領域專案與新產品管理、科技法律與智財管理概論、營收與行銷管理、數據解碼與經營策略優化、永續營運與價值鏈管理、前瞻決策與韌性企業、行為科學與商業競爭、智能轉型與數位治理。模組化設計課程，每門課由多位臺大各學院教授授課。邀請橫跨臺大工學院、管理學院、電資學院、法律學院，跨院際師資教授八門核心課程，涵蓋企業營運全域，關注企業日新又新發展的各個環節。
科技法律與智財管理概論
授課教師：陳達仁、李素華
網路與數位科技著作權、專利權理論與實務、生醫科技與智財權、交易秩序與智財權、營業秘密保護、技術移轉與授權契約、智財權訴訟、專利申請、策略聯盟、技術移轉、加值運用。
跨領域專案與新產品管理
授課教師：陳正剛、陳建良
專案管理計畫、專案組織、專案執行、衝突管理、專案時程規劃、成本控制、風險管理、績效考核、採購談判。
營收與行銷管理
授課教師：黃奎隆、黃恆獎
除講述營收管理的基本概念、對企業營運的影響，也包括了對應的理論與管理科學的方法，如市場區隔、動態定價、降價管理等。行銷管理講述在數位時代與新興商業模式下之行銷方法與理論，亦包含國際行銷相關議題。
數據解碼與經營策略優化
授課教師：洪英超
學習如何有效地收集、整理和分析數據，並透過統計模型的選取和建立，深入理解數據背後的趨勢和關聯性，並從中提取有價值的商業訊息。課程內容涵蓋了統計學的基本原理，以及如何應用統計方法和軟體分析進行商業決策和優化經營策略。
永續營運與價值鏈管理
授課教師：洪一薰、周雍強
第一部份課程：永續營運討論企業永續發展、碳中和、永續經濟決策分析、永續與能源經濟、綠色產品設計與評估、循環經濟。第二部份課程：價值鏈管理價值鏈系統的運作、綠色供應鏈管理，主題涵蓋交付鏈、快速回應鏈、精實創業、配銷通路、電商平台、運輸配送。
前瞻決策與韌性企業
授課教師：吳政鴻、張時中
第一部分探討企業數位化升級時，資訊流架構及數位轉型策略。第二部分則立基於企業數位化架構，探討智慧決策理論與應用實務，著重風險管理意識及企業韌性之提升。課程將依學員背景與興趣，藉由產業實務案例鏈結應用場域情境。
行為科學與商業競爭
授課教師：黃道宏、洪一薰
探討多人決策的產業競爭應用。多人決策可以是公司與公司間的商業競爭，或者是產業內的垂直競爭、水平競爭，亦或是公司內部不同部門間的競爭行為。產業經常是由一群各自獨立運作的公司所組成，每個獨立的公司在決策時有各自的考量，自己的決策會影響到其它公司的表現，其它公司的決策也會影響到各自的表現，公司間的決策通常會互相影響，且每間公司也不願意將自己的資訊提供給其它公司或向大眾揭露。此種型態之系統，稱之為分權式（Decentralized）系統，賽局理論可用於分析此類商業競爭型態的決策分析問題。
智能轉型與數位治理
授課教師：藍俊宏
旨在探討現代企業如何透過數位技術和人工智慧工具進行轉型與創新。本課程將涵蓋從基本的機率、統計到先進的深度學習與大數據分析技術，幫助學生建立扎實的資料科學基礎。此外，課程還將深入探討數位治理的原則與實踐，包括資料隱私、網絡安全、演算法倫理和法規遵從。通過案例分析與實作練習，學生將學習如何運用資料與人工智慧解決實際問題，並在數位轉型過程中做出最佳決策。最終，學生將具備領導企業數位轉型的能力，並能夠在快速變化的AI經濟中保持競爭力。