臺灣大學工業工程學研究所碩士班（Master Program, MS）成立於1994年，於2003年與機械系合設工業工程與管理領域博士班，並在2010年正式成立本所博士班（Doctor Program, PhD.），整合系統工程、與系統管理之研究。碩博士班的主要研究領域：1) 數據系統與分析、2) 智慧決策、3) 作業研究、4) 供應鏈管理與工程、5) 科技管理。
因應社會趨勢以及業界需求，並同時強調本所跨領域研究以及產業整合之背景特色，我們於2011年成立跨領域整合與創新高階主管碩士在職專班（Executive Master of Science Program, EMS），吸引不同領域專長之中高階主管與業界之隱形冠軍等學員加入。
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